Небольшой городок Молога, упоминаемый в летописях с XII века, узенький и длинный, представлял собой один из торговых пунктов. Этому способствовало его положение при слиянии двух важных судоходных рек, из которых Молога, имеющая летом ширину от 60 до 130 саженей и глубину от 2 до 5 саженей, служила началом одной из трёх главных систем водных сообщений, от Балтийского моря до Каспийского. От Мологи начиналась так называемая «Тихвинская система», по которой ежегодно проходило от Рыбинска до Петербурга в среднем около 7000 судов с грузами низовых приволжских губерний. По Тихвинской системе, как небогатой водами, ходили суда небольших размеров, удобные по своему устройству для прохода по каналам.

К началу XX века в Мологе было построено 34 каменных дома и 659 деревянных. Из нежилых строений каменных было – 58, деревянных – 51. Численность населения в городе: всего – 7032, из них 3115 мужчин, 3917 женщин.

Cоветский период истории Мологи невелик по времени – всего 18 лет.
В 1932 году в городе возник промкомбинат, объединяющий электростанцию, мельницу, маслобойный и крахмало-паточный заводы и баню. Но тогда ещё никто не знал, что всем этим планам в конечном итоге не суждено было сбыться…

14 сентября 1935 года СНК СССР и ЦК ВКП(б) приняли постановление о сооружении одновременно двух ГЭС, Рыбинской и Угличской. И в этом же году в сентябре в небольшой деревеньке Переборах, под Рыбинском, развернулось строительство и начались подсобно-вспомогательные работы по подготовке строительной площадки. В этом же году в Переборах организовали новую исправительную колонию.

Основное переселение мологжан началось весной 1937 года за четыре года (!) до затопления. Много горя и страданий принесла с собой эта стройка века, её зловещее эхо оставшиеся в живых мологжане слышат и сейчас. Город Молога, со своими 10 храмами и 294 последними жителями, стал русской Атлантидой.

13 апреля 1941 года на стройке в Переборах, под Рыбинском, был перекрыт последний проём плотины, и паводковые воды Волги, Шескны и Мологи, встретив на своем пути непреодолимую преграду, стали выходить из берегов, разливаться на пойму, с каждым днем все ближе и ближе подступая к городу Мологе и затопляя Молого-Шекснинское междуречье …